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Author: avallecam

instructors/data/02-practical-activity-2-fr.R

@@ -0,0 +1,75 @@
+# Activity 5
+
+# étape: donner le numéro du groupe
+room_number <- #<À COMPLETER> replace with 1/2/3/4
+
+# charger les packages ---------------------------------------------------------
+library(cfr)
+library(epiparameter)
+library(tidyverse)
+
+
+# Importer les données d'entrées------------------------------------------------
+# étape: copier et coller le lien fourni dans le fichier google doc.
+disease_dat <- readr::read_rds(
+  #<À COMPLETER>
+)
+
+disease_dat
+
+
+# Créer un objet de type incidence ---------------------------------------------
+# étape: compléter les arguments nécessaires pour obtenir l'incidence des cas et
+# de décès.
+disease_incidence <- disease_dat %>%
+  incidence2::incidence(
+    #<À COMPLETER>
+  )
+
+plot(disease_incidence)
+
+
+# Confirmer le format des données d'entrées pour {cfr} -------------------------
+
+# étape: vérifier si les noms de colonnes dans les données d'incidence sont
+# conformes aux noms requis par {cfr}:
+# date, cases, deaths
+
+disease_dat
+
+# Est-ce que les données d'entrées sont conformes au format attendu par {cfr} ?
+# Si oui, utiliser:
+disease_adapted <- disease_dat
+# OU
+# Si no, utiliser `cfr::prepare_data()` pour l'adapter:
+disease_adapted <- disease_incidence %>%
+  cfr::prepare_data(
+    #<À COMPLETER>
+  )
+
+disease_adapted
+
+# Accéder aux functions de distribution de délais ------------------------------
+# étape: Accéder aux distributions de probability de délais entre apparition des
+# symptomes et le décès.
+
+# De quel délai a t-on besoin pour ajuster le RL? (dépend de la maladie)
+disease_delay <- epiparameter::#<À COMPLETER>
+
+
+# Estimer le RL naïf and ajusté aux délais -------------------------------------
+# étape: Estimation du RL naïf and ajusté aux délais.
+
+# Estimer le RL naïf static
+disease_adapted %>%
+  cfr::cfr_static()
+
+# Estimer le RL static ajusté au délai
+disease_adapted %>%
+  cfr::cfr_static(
+    delay_density = #<À COMPLETER>
+  )
+
+# étape: copier et coller les résultats obtenus, et répondre aux questions.
+
+# nolint end